Les mycotoxines sont des substances dangereuses produites par des « moisissures » qui contaminent les végétaux ou produits végétaux. Face aux dangers qu'elles représentent, la réglementation évolue.

Aflatoxines, ochratoxine, déoxynivalénol, fumonisines, toxines T2 et HT2, alcaloïdes de l'ergot? sont parmi les mycotoxines considérées comme étant les plus préoccupantes. Leur prise en compte dans la palette des risques sanitaires liée à l'aliment est récente.
Mises en évidence à partir des années 1960, elles font l'objet d'une réglementation visant à limiter leur présence dans les denrées. Les valeurs seuils sont en cours de réévaluation et de nouveaux risques sont étudiés, liés aux effets cocktails et aux mycotoxines masquées. Souvent étroitement liée aux conditions climatiques, la production de ces toxines varie selon les années.