Les principales mycotoxines réglementées sont des aflatoxines, ochratoxines, fusariotoxines et alcaloïdes de l'ergot. Elles sont présentes dans les denrées végétales, en particulier les céréales au champ et au stockage. La prise en compte par les autorités sanitaires de la dangerosité de ces contaminants, relativement récente, est régulièrement actualisée. Depuis 2006, la publication de nouvelles études toxicologiques, suivies par des réévaluations du risque par l'Autorité européenne de sécurité alimentaire (Efsa) et la fixation des nouvelles doses journalières tolérables (DJT), a conduit à des révisions à la baisse des seuils réglementaires dans l'EU et différents pays dans le monde.
Avant 2006, seules les aflatoxines et ochratoxines faisaient l'objet de seuils officiels dans l'Union européenne dans les produits récoltés et les produits transformés commercialisés. La première vague de réglementation UE a concerné diverses fusariotoxines avec le règlement UE 1881/2006. La réglementation UE de l'ergot du seigle, qui faisait l'objet de seuils officiels dans le cadre du Codex alimentarius, date de 2015. Les limites des outils d'analyse, du fait de formes conjuguées et des interactions entre contaminants, rendent la sécurisation sanitaire des aliments encore complexe et non totalement aboutie.
