La gestion des mycotoxines reste complexe en 2021. Les contaminations dépendent largement des conditions climatiques.
Des moyens génériques sont mis en oeuvre pour prévenir ou gérer ces contaminations en grandes cultures : rotation, dates de semis et de récolte, labour, résistance variétale, trieurs optiques... Certaines interactions limitent leur efficacité. Des plantes adventices comme les vulpins et ray-grass peuvent être des hôtes des champignons toxinogènes, ou être elles-mêmes toxiques (galégas, séneçons, datura?), rendant nécessaire des actions de désherbage. Le recours aux fongicides, insecticides et herbicides permet de compléter les actions agronomiques et les éventuelles solutions génétiques. En agriculture conventionnelle comme en agriculture biologique, les risques existent.
