Un plan de surveillance des fusarioses des épis des céréales à paille a été lancé en 2000 par la DGAL (Direction générale de l'alimentation).
Des techniques microbiologiques ont été comparées entre elles et avec celles de biologie moléculaire (PCR). Ces dernières sont fiables et sensibles mais monospécifiques (chaque analyse n'identifie qu'une seule espèce).
La microbiologie traduit en pratique la complexité du cortège parasitaire, mais les Fusarium sp. et Microdochium nivale doivent être recherchés sur des milieux de culture différents et aucune méthode ne donne les quantités relatives des espèces ni ne détecte celles présentes auparavant (et qui ont pu produire des mycotoxines).
Au plan des résultats, toutes les espèces pathogènes ont été détectées, les plus fréquentes étant Fusarium graminearum puis M. nivale, ensuite F. avenaceum et F. poae. D'autres Fusarium pathogènes ou non (certains potentiellement mycotoxinogènes) étaient représentés à de faibles fréquences. In terms of methodology, microbiological techniques were compared with each other and also with molecular biology techniques (PCR). The latter, being highly reliable and sensitive are monospecific (i.e. one analysis can detect and identify one species only). In practice, microbiology translates better the complexity of the parasitic army, but Fusarium sp. and Microdochium nivale must be examined on different crop environments and no method is yet able to provide details of the relative quantities of species present nor to detect those which may have been present in the past (and which could therefore have produced mycotoxins). As far as results are concerned, all recognised pathogen species were detected, the most frequent of these being Fusarium graminearum and M. nivale (65 % of trials), followed by F. avenaceum and F. poae. Other Fusaria, pathogens and non-pathogens (with some potential mycotoxinogens) were represented at very low levels.
