Les champignons du sol phytopathogènes (directement ou comme vecteurs de virus) sont très divers. Leur diagnostic est nécessaire pour le choix des méthodes de lutte ainsi que dans une optique réglementaire (détection d'organismes de quarantaine lors d'échanges de sols, substrats, plants, etc.)
Ce diagnostic utilise couramment des tests biologiques avec plantes pièges selon des conditions expérimentales adaptées, ainsi que l'observation microscopique. Dans certains cas on fait appel à des tests Elisa ou à la biologie moléculaire (PCR?)
Il y a des contraintes au niveau des prélèvements et de l'échantillonnage et lors du diagnostic lui-même.
Les techniques moléculaires devraient se développer en couplage avec les tests biologiques qui restent indispensables. Le diagnostic prédictif avant implantation, tel qu'utilisé en grandes cultures (pois), va se développer en maraîchage et horticulture (les traitements préventifs systématiques vont diminuer), de même que le suivi des populations cryptogamiques (veille sanitaire). An extremely wide range of plant pathogenic soil fungi exists, whether these be direct agents or vectors. Diagnosis and correct identification is essential to ensure that the right choice of control method is made and also that regulations relating to the detection of quarantine organisms are complied with during soil, substrate and plant exchanges.
This diagnosis uses biological testing with trapping plants with specifically adapted experimentation conditions, and also microscopic observation. In certain cases ELISA tests and molecular biology (PCR) may be used.
There are however certain constraints in relation to sampling and in carrying out the diagnosis itself.
The best way ahead would seem to be the use of molecular techniques in combination with biological tests, which remain an essential element. Predictive diagnoses prior to planting, as currently used in large-scale farming (peas), is ideal for market-garden crops and horticulture, thus leading to a reduction in systematic preventive treatments. The monitoring of cryptogamic populations also has a key role to play.
