Nos systèmes de productions agricoles se caractérisent encore largement par des pratiques associant le recours à une mécanisation importante, une grande spécialisation des productions sur les territoires, une utilisation massive d'intrants, le recours à l'irrigation combinée à l'usage de variétés à haut potentiel de rendement mais peu adapté au leur environnement. Il est maintenant admis que certaines de ces pratiques peuvent avoir des effets délétères sur la qualité de l'environnement, la biodiversité et la santé humaine.
Les sols ne sont pas des supports inertes de production mais un écosystème hébergeant une forte diversité d'organismes en interactions. Ainsi, ils jouent un rôle essentiel dans la santé des cultures, notamment du fait de la diversité microbienne qu'ils hébergent. Ils peuvent donc contribuer à diminuer l'utilisation de produits phytopharmaceutiques par l'adoption de pratiques optimisant leur diversité et leurs activités.
Les micro-organismes du sol ' le microbiote, en particulier ceux situés au niveau de la rhizosphère, interagissent entre eux dans un ensemble complexe de relations mutualistes, antagonistes ou encore commensales, ainsi qu'avec la plante en modifiant sa physiologie et son immunité.
Une meilleure compréhension des mécanismes d'interaction en jeu entre plante et microbiote, qui définissent « l'holobionte plante », est nécessaire pour développer de nouveaux leviers pour la santé des plantes.
Les approches d'écologie moléculaires (métabarcoding, métatranscriptomique?) et les approches mathématiques vont permettre d'accélérer les recherches.
