Le diagnostic des bactéries phytopathogènes vivant dans le sol est difficile car ces bactéries sont distribuées de façon hétérogène dans un milieu riche en de nombreux autres micro-organismes.
L'analyse microbiologique classique (identification des colonies bactériennes cultivées en boîtes de Petri) est réalisable dans de rares cas sur milieux de culture semi-sélectifs (ex. milieu SMSA utilisé pour la détection de Ralstonia solanacearum).
Une autre technique utilisée est celle des plantes-pièges (jeunes plantes sensibles repiquées sur un échantillon du sol à tester). Elle est fiable mais lente et peu sensible.
Aussi des essais sont en cours pour extraire les bactéries à partir des échantillons de sol (afin de pouvoir ensuite employer des techniques de bactériologie classiques type immunofluorescence, ELISA, PCR). Mais rien n'est au point. Par ailleurs, la capture magnétique (sur microbilles de polymères) semble prometteuse ainsi que les puces à ADN. The diagnosis of plant pathogenic bacteria living in soil is extremely difficult, owing to the fact that these bacteria are found in random quantities within an environment which is rich in a wide variety of other micro-organisms.
Traditional microbiological analysis (identification of bacteria colonies cultivated in Petri boxes) is possible in a few cases on semi-selective media (e.g. SMSA medium used in the detection of Ralstonia solanacearum). Another technique which is used is that of trapping plants (i.e. young sensitive plants planted out in a soil sample which is to be tested). This technique provides reliable results but is slow and not particularly sensitive.
It should also be noted that trials are ongoing to extract bacteria from soil samples (in order to be subsequently able to use traditional bacteriological techniques such as immunofluoroscence, ELISA, PCR, etc.) For the moment however, nothing is yet ready to be put into practice. Elsewhere, magnetic capturing (using polymer microbeads) would seem to be promising, as would micro arrays.
