Le sol constitue un levier peu exploré dans la gestion des maladies. Un des objectifs du projet collaboratif Boussole (2019-2021) est d'acquérir des références sur la corrélation entre l'abondance et la diversité taxonomique de la microflore du sol, la pratique agronomique des producteurs et le taux d'inoculum de trois bioagresseurs telluriques des choux qui constituent un préalable important pour la compréhension de ces pathosystèmes.

Une étude statistique de données collectées à partir d'une enquête agronomique et d'analyses de laboratoire dans un réseau de 67 parcelles de choux-fleurs n'a pas mis en évidence de pratiques agronomiques, ni de communautés microbiennes ayant une impact positif ou négatif sur la gestion des trois maladies. Cependant, ces analyses ont démontré un lien statistique fort entre l'intensité de la rotation en choux et la présence de spores de hernie dans le sol.