Sur céréales paille et maïs, les mycotoxines principales sont les aflatoxines, ochratoxines, fusariotoxines et alcaloïdes de l'ergot, présentées dans l'article précédent.
La connaissance de ces contaminants a conduit à identifier différents moyens de gestion. Ils font appel à la lutte directe contre ces champignons avec des fongicides ou des moyens de biocontrôle, contre les insectes vecteurs qui les propagent, contre les adventices hôtes qui facilitent leur cycle.
Des méthodes indirectes telles des rotations adaptées, des dates de semis et de récolte précoces, un enfouissement profond des résidus de culture et la prévention des différents stress abiotiques, dont le stress hydrique, sont également mises en oeuvre en parallèle.
