Créée en 1973, la formation de spécialisation de troisième année pour les ingénieurs agronomes « Protection des plantes et environnement » a connu de nombreuses transformations au fil des décennies, suivant en cela les évolutions scientifiques, techniques et sociétales de son domaine. Elle est passée d'une vision centrée sur la lutte intégrée contre les organismes nuisibles au développement de stratégies agroécologiques pour une gestion durable des agroécosystèmes. Elle a également adapté ses méthodes pédagogiques, ses partenariats professionnels, et son vocabulaire à ces évolutions.